Regulāra MBR membrānu apkope prasa nepārtrauktu pārvaldību, parasti no stundas līdz dienai. Piemēram, aerācijas sistēmām jādarbojas 24 stundas diennaktī, lai novērstu dūņu uzkrāšanos uz membrānas virsmas. Periodiska tiešsaistes atpakaļskalošana tiek veikta darbības laikā, parasti ik pēc dažām minūtēm līdz desmitiem minūšu, lai uzturētu stabilu membrānas plūsmu. Šis posms ir nepārtraukta apkope un neietver dīkstāves.
Regulāra apkope parasti tiek veikta no nedēļas līdz mēnesim. Apmēram ik pēc 1–4 nedēļām tiek veikta intensīva pretskalošana vai atjaunojoša tīrīšana, lai noņemtu pakāpeniski uzkrātos organiskos piesārņotājus un daļiņu aizsērējumus. Ja sistēma darbojas ar sliktu ūdens kvalitāti vai lielu slodzi, apkopes biežums tiks palielināts, lai novērstu nepārtrauktu transmembrānas spiediena starpības (TMP) pieaugumu.
Dziļā apkope un ķīmiskā tīrīšana parasti tiek veikta ik pēc 3–6 mēnešiem. Ķīmiskā tīrīšana (CIP) izmanto tādus līdzekļus kā nātrija hipohlorīts un citronskābe, lai noņemtu neatgriezeniskus piesārņotājus. Sistēmām ar labākiem darbības apstākļiem ciklu var pagarināt līdz 6–12 mēnešiem vai pat ilgāk. Saprātīgi apkopes cikli var ievērojami pagarināt membrānas bioreaktora kalpošanas laiku un uzturēt stabilu notekūdeņu veiktspēju.